El IES Salvador Dalí de Leganés se creó por desdoblamiento del IES José de Churriguera en el curso 1985-1986. La sede primera, durante los cursos 85-86 y 86-87, estuvo ubicada en el actual C.C. Santiago Amón, centro que había edificado el Ayuntamiento de Leganés y que prestó al IES José de Churriguera hasta que tuvo su sede definitiva. Al dejarlo el IES José de Churriguera, lo ocupó el IES Salvador Dalí durante los cursos citados.

El actual edificio se ocupó en el curso 87-88. El primer equipo directivo, durante el curso 85-86, fue en comisión de servicios y el profesorado interino. En el siguiente, ya tuvo una dirección nombrada por al Dirección Provincial, y la mayoría del profesorado con destino definitivo (12 de ellos provenían del Churriguera). El modelo arquitectónico es el típico de los años 80 para la Comunidad de Madrid.

El primer nombre por el que se conocía al centro fue por el “Instituto nº 6”, por ser este el número de orden en la incorporación a la red de institutos de Leganés. El actual nombre, “Salvador Dalí”, surgió de una encuesta realizada a los alumnos del centro en el curso 89-90 y fue el más votado quizá por celebrarse aquel año el centenario del célebre pintor Salvador Dalí.

La implantación de la reforma educativa se realizó en el curso 96-97. Durante el curso 2001-2002 se celebraron los veinticinco años de implantación de la Secundaria en Leganés.